Program studi pertama kali

Pendidikan yang dilaksanakan pada saat itu meliputi:

1. Bidang rekayasa terdiri dari Program Studi Teknik :
* Mesin
* Sipil
* Elektro
2. Bidang Tata Niaga terdiri dari Program Studi :
* Akuntansi
* Administrasi Bisnis

Tahun ajaran 1993/1994

Pada tahun ajaran 1993/1994 Jenjang Pendidikan Program Diploma 2 (D2) ditingkatkan menjadi Jenjang Pendidikan Program Diploma 3 (D3) untuk bidang Tata Niaga Jurusan\Program Studi:

1. Akuntansi
2. Administrasi

Tahun ajaran 1997/1998

Pada tahun ajaran 1997/1998 menyusul Bidang Rekayasa ditingkatkan Ke Jenjang Pendidikan Program Diploma 3 (D3) pada Jurusan\Program Studi Teknik:

1. Mesin
2. Sipil
3. Elektro

Tahun ajaran 1996/2000

Tahun ajaran 1996/2000 melalui Proyek Peningkatan Kependidikan Keteknikan dan Sains (EEDP Project) yang didanai melalui Bantuan Asian Development Bank (ADB), maka membuka Jenjang Pendidikan Program Diploma 3 untuk satu jurusan yaitu Teknik Kimia Program Studi Petro & Oleo Kimia
[sunting] Tahun Ajaran 2001/2002

Tahun Anggaran 2001, bergulir bantuan Pemerintah Daerah Propinsi Kalimantan Timur melalui Anggaran pendapatan dan Belanja Daerah (APBD), untuk Program Penguatan dan Pengembangan Politeknik Negeri Samarinda, sehingga dengan bantuan tersebut maka dibentuk dan didirikan 3 (tiga) program studi Jenjang Pendidikan Program diploma 3, yaitu:

1. Program Studi Teknologi Informasi-Jurusan Teknik Elektro
2. Program Studi Produk Disain-Jurusan Teknik Sipil
3. Program Studi Pariwisata-Jurusan Administrasi Bisnis

Tahun Ajaran 2008/2009

Politeknik Negeri Samarinda terus berkembang dengan bertambahnya 4 Jurusan baru, 3 diantaranya adalah Program Studi yang telah berkembang menjadi Jurusan. Sehingga total POLNES memiliki 10 Jurusan dengan 17 Program Studi. Ke-empat Jurusan yang baru tersebut adalah:

1. Jurusan Teknologi Informasi
2. Jurusan Produk Disain
3. Jurusan Pariwisata
4. Jurusan Kemaritiman

Tahun Akademik 2009/2010

Politeknik menerima mahasiswa baru untuk Program Studi Diploma IV

1. Teknik Sipil Rekayasa jalan dan Jembatan
2. Akuntansi Manajerial
3. Pemasaran

Diploma III

1. Akuntansi
2. Administrasi Bisnis
3. Pariwisata (konsentrasi Perhotelan dan Usaha Perjalanan Wisata)
4. Teknologi Informasi
5. Teknik Mesin (konsentrasi Mesin Perawatan dan Mesin Produksi)
6. Teknik Alat Berat
7. Teknik Elektro
8. Teknik Sipil Bangunan Gedung
9. Desain Produk
10. Arsitektur
11. Teknik Kimia (konsentrasi Petro dan Oleo)
12. Nautika
13. Teknika
14. Ketatalaksanaan Pelayaran Niaga dan Kepelabuhan (Administrasi Pelabuhan)

Bagian integral sistem pendidikan tinggi di Indonesia No. 086/O/1997 tanggal 28 April 1997. Kemudian diperbaharui melalui Keputususan Menteri Pendidikan Nasional RI No. 132/0/2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja yang menetapkan Politeknik Negeri Samarinda sebagai Type A.